U.C.0097
『라플라스의 상자』가 열리고 일년.
뉴타입의 존재와 그 권리를 언급한 '우주세기헌장'의 존재역시 밝혀졌어도 세계의 틀은 크게 변화하지 않았다.

이후 '라플라스 사변'이라 불리는 전란은 네오지온 잔당군 '소데츠키'의 와해로 종결 되는것만 같았다.
그 마지막 전투에서 하얀 유니콘과 검은 사자 이 두 기체의 풀-사이코 프레임 사양 모빌 슈트가 인지를 넘은 힘을 나타낸다.
두 기체의 위협은 결국 봉인됨으로 사람들의 의식에서 멀어지며 잊혀지는 듯 했지만……
갑자기 2년 전 소식 불명이던 RX-0 유니콘 건담 3호기가 지구권 에 다시 그 모습을 보이기 시작했다.

금빛 "불사조"……그 이름은 페넥스―.