인류가 고질라에게 지구를 잃은 후, 2만 년이 흐른 미래.
하루오는 어린 시절 고질라에게 부모를 잃은 후, 복수심으로 살아왔다.
우주를 표류하던 인류는
다른 행성에서 살 수 없다는 사실을 인정하고, 지구로 돌아가기로 결심한다.
하지만, 지구에 돌아온 인류를 기다리고 있던 것은 고질라가 아니라, 그보다 더 크고 강력한 존재...
하루오는 고질라의 약점을 찾아내고, 인류의 마지막 희망을 걸고 전투를 시작하지만...
과연, 하루오는 고질라에게 복수할 수 있을까?
인류는 지구를 되찾을 수 있을까?