고질라 어스와 메카고질라 시티와의 전투에서 패배한 후,
고질라 어스의 힘을 이용하려는 엑시프의 음모에 맞서게된다.
엑시프는 고질라 어스를 죽이기 위해 킹기도라라는 더 강력한 괴수를 소환하지만
킹기도라는 고질라 어스뿐만 아니라 인류와 지구를 모두 파괴하려고 한다.
인류의 미래는 어둡기만 하다...