높이 635m를 자랑하는 벨트리 타워의 오프닝 행사날. 전망대에서 절경을 즐기던 코난 일행의 눈 앞에서 어디선가 날아온 총탄이 한 남자의 가슴을 꿰뚫는다! 코난은 총탄이 날아온 곳에 있는 검은 그림자를 발견하고 여고생 탐정 양세라와 함께 저격범을 추격하는데… 수류탄 등으로 중무장한 범인을 끝까지 쫓던 코난과 양세라는 위기에 처한 순간 FBI 수사관 조디 일행의 도움으로 위험에서 벗어나지만 범인은 바다에 뛰어들어 자취를 감추고 만다. 그리고 연이어 발생하는 도심 한복판에서의 저격 사건들…. 과연 범인의 최후의 목적은 무엇이며 코난은 다시 한번 수수께끼를 파헤쳐 낼 수 있을 것인가?