아침 노을의 바다에 떠오르는, 폭탄을 실은 수수께끼의 수상한 배.
그 배가 모든 것의 시작이었다. 교토 마이즈루항. 해상자위대에 의한, 귀중한 이지스함의 체험 항해가 개시 되고 있었다. 전자무장 된 최첨단 함에서 펼쳐지는 박력 만점의 크루즈를 즐기는 코난과 란, 코고로, 그리고 소년 탐정단.
그러나 갑자기 굉음이 울려 퍼지고 함내에 불쾌한 공기가 감돈다. 이윽고 얼마 지나지 않아, 왼쪽 팔이 없는 시체가 발견된다!
그것도 무려 자위대원의 시체였다. 거기에는 몇군데 이상한 점이 남겨져 있었다. 수사에 나선 코난은, 함내에 모국의 스파이 "X"가 탐승한 것을 알게 된다...

이 항해에는 상상을 훨씬 뛰어넘은, 일본 전토를 뒤흔드는 거대한 음모가 숨겨져 있었다.